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die frage nach DEM PROGRAMM ist wirklich verwirrend.
was willst du eigentlich?
für baumstrukturen ala xml gibts jede menge xml editoren.
wenn du aber im php-programm eine struktur sichern möchtest, mußt du die struktur serialisieren. das gibt dann einen string, den man dann irgendwo speichern kann. auch in php-session.
wenn du deine stuktur dann noch assoziativ indizierst, kannst du nach einem unserialize wieder voll auf die struktur auch mit schlüsseln zugreifen.