Hallo,
Logisch wenn Du absolut positionierst. Verzichte darauf und margin bzw. padding wirken sich aus.
padding beim body wirkt sich aber noch aus, es geht dann vielleicht darum wann sich das padding beim body wie gewünscht auswirkt, je nach Browser und Rendermodus:
body{height:100%;padding:50px}
#oben{position:absolute;top0px;}
#unten{position:absolute;bottom:0px;}
Und ggf. noch: html{height:100%;}
Grüsse
Cyx23