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PHP wurde als CGI installiert
Das erklärt noch nicht, wieso die php.ini verändert werden kann, die ja normalerweise völlig außerhalb aller Serververzeichnisse liegt.
Ich empfehle einen Blick in die PHP-Anleitung, Einleitungsseite zur Konfiguration ("Runtime Configuration"), zweiter Absatz (bzw vierter und fünfter Satz der Seite). Das dort beschriebene Verfahren ist übrigens ganz und gar nichts Ungewöhnliches.