Ein Besucher: /PHP: Pfad zu einem Ordner in ein Textfeld bekommen

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Eben! Und genau deswegen muss ich ja auf dem Server wissen wohin der Nutzer die Dateien bei sich entpackt hat...

Nicht, wenn Du relative Pfade verwendest. Der Anwender darf natürlich die Baumstruktur nicht ändern, sondern nur die Wurzel des Baums selbst wählen - diese interessiert Dich aber nicht, da Du sie relativ zum Programm findest.