Hmm, das kenne ich.
Is aber schon lange her.
Ich hab damals gegoogled, und dann gab es irgendwo die Lösung a la:
cp /usr/share/icons/hicolor/index.theme index.desktop
leider weiss ich nit mehr genau, wo index.desktop etc.. is, ob man das braucht etc.
Es sollte auf jeden Fall daran liegen, das ein paar icons am falschen Ort gelangt sind. Wenn du das richtig stellen kannst, verschwinden diese ganzen Fehlermeldungen (die finde ich etwas lästig)