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Grundsätzlich ist die Methode die Dateien einfach zu kopieren wohl O.K., Du solltest nur die Tabellen temporär sperren.
das problem ist dass der mysql server auf windows 2000 läuft... später dann auf windows server 2003 ! wie kann ich da die tabellen sperren ? und das kurz bevor das andere programm läuft.. das wäre zu kompliziert... warum sollten die tabellen gesperrt werden ? wozu ist das denn gut ? solange nichts crasht sondern nur einige datensätze deswegen nicht gesichert werden ist es kein problem...
gruss
hamza