Hiho,
PHP arbeitet auf dem Server. JavaScript auf dem Browser. Das heisst JavaScript bekommt erst mal gar nichts davon mit was PHP macht. Das kannst du dann natürlich für deine Zwecke nutzen und einfach so wie du ne dynamische HTML seite gernerierst auch ein dynamisches JavaScript generieren...
Sprich einfach mit <?php
echo "irgendwas";
?>
Grüsse
Marc