egal: Probleme bei der Strukturierung

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Gibt es eine Möglichkeit, den 'include' so zu gestalten, dass er je nach Link eine andere Seite eingibt, nämlich die jeweils zu verlinkende?

Nein.
Du kannst aber - was viel besser ist, denn nur Newbies nehmen include für header / footer - eine Funktion schreiben, die dir den header oder die Navigation ausgibt. Dann nimmst du einfach noch nen paar Paramter, die die Ausgabe dann abwandeln können.