Hallo,
Eingebettete Medienobjekte werden nicht vom Browser gerendert und deshalb hat man hier auch keinen Einfluss auf die "Schichtenlage".
Nachtrag:
Probiere es im embed-Element mal mit dem Attribut wmode und dem Wert opaque, also <embed ... wmode="opaque">. Das sollte dem ASV die Moeglichkeit zur z-Indexierung geben.
MfG, Thomas