Hallo,
also ich mache es so, dass ich Bereiche, die nur mit Javascript funktionieren, mit document.write erstelle und Alternativen bei Bedarf in den <noscript>-Bereich lege. So sieht der Besucher ohne JS nichts davon. Siehe z.B auf http://www.uni-muenster.de/Physik das Selectmenue.
Gruß, Jürgen