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Dein Gedanke die Festplatte zu formatieren war ja schon mal richtig. Das funktioniert natürlich jedoch nicht beim laufenden Betrieb von Windows.
- Sichere zunächst alle deine Daten gesichert hast (Diskette, CD, 2. Partition/Festplatte) (hast du ja getan)
Erstelle über Start -> Systemsteuerrung -> Software -> Windóws-Komponenten -> Startdiskette eine bootfähige Startdiskette. (aus dem Gedächtnis, könnte ein wenig falsch sein)
Nachdem diese erstellt wurde stecke sie in dein Diskettenlaufwerk und starte den Rechner anschließend neu.
Vorrrausgesetzt die Bootreihenfolge im BIOS ist nicht "falsch" eingestellt, sollte dein PC jetzt von der Diskette booten. Nun kannst die Festplatte formatieren.
Wenn du die CD.ROM-Unterstützung aktiviert hast (die Boot Diskette fragt dich das beim Booten ab) kannst du dann auch etwa mit d:\setup das setup won windows 98 starten (mit d:\ als Beispiellaufwerksbezeichnung für dein CD-ROM in dem die Win98 CD liegt)
Das sollte eigentlich alles wichtige sein. Ich gebe dir jedoch keine Garantie für irgendwelchen Verluste ;)