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ext. Prog. klappt über Commandline, aber nicht über CGI-Skript
Hallo,
ich habe ein riesen Problem. Woran könnte es liegen, dass ein externes Programm ('blastall') bei einem Aufruf über die Kommandozeile und auch beim manuellen Aufruf eines Skripts mit ./testblast.pl (welches das Programm mit dem system()-Befehl startet) einwandfrei klappt, aber nicht, wenn ich das Skript als cgi über einen Browser aufrufe. Das Skript bricht dann immer mit der Fehlermeldung:
-1 at /Library/WebServer/CGI-Executables/testblast.pl line 38
ab.
So habe ich den system-Befehl geschrieben:
system('blastall -p blastx -i test.fasta -o testblast_sh.out') == 0 or die $?;
Aber wie schon oben erwähnt: An dem Befehl kann es nicht liegen, da blastall ja ausgeführt wird, wenn ich das Perl-Skript manuell ausführe. Nur beim Ausführen aus dem Browser heraus bricht das Skript ab.
Gruß, Carmaus
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Achte auf den Pfad! Vom Browser aus ist ein anderer Pfad als wenn du es manuell aufrufst
mfg DJ Kamp
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Achte auf den Pfad! Vom Browser aus ist ein anderer Pfad als wenn du es manuell aufrufst
mfg DJ Kamp
Ich hab mal den kompletten Pfad angegeben.
system('/usr/local/bin/blastall -p blastx -i test.fasta -o testblast_sh.out') == 0 or die $?;
Klappt aber leider immer noch nicht. Jetzt kommt die Fehlermeldung:
56 at /Library/WebServer/CGI-Executables/testblast.pl line 38.-
Klappt aber leider immer noch nicht. Jetzt kommt die Fehlermeldung:
56 at /Library/WebServer/CGI-Executables/testblast.pl line 38.In diesem Falle gibt deine Anwendung nicht 0 als Exitcode, sondern 56
Struppi.
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Es hat jetzt geklappt. Ich musste überall den kompletten Pfad angeben.
Danke für eure hilfe
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-1 at /Library/WebServer/CGI-Executables/testblast.pl line 38
ab.in Zeile 38 steht: die -1;
keine hilfreiche Fehlermeldung.So habe ich den system-Befehl geschrieben:
system('blastall -p blastx -i test.fasta -o testblast_sh.out') == 0 or die $?;Wenn ich das richtig verstehe ist in $? der Rückgabe wert es system aufrufes, -1 bedeutet der Prozess konnte nicht gestartet werden.
Aber wie schon oben erwähnt: An dem Befehl kann es nicht liegen, da blastall ja ausgeführt wird, wenn ich das Perl-Skript manuell ausführe. Nur beim Ausführen aus dem Browser heraus bricht das Skript ab.
Evtl. stimmt der Pfad nicht. Ist blastall von überall ausführbar?
Struppi.