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Hast Du schon das target-Attribut probiert? Bsp.: <a href="file///C:/etc" target="framename">Test</a>
Setzt Du statt des Framenamens (innerhalb eines Framesets) "_blank" ein, wird die Seite in einem eigenen, neuen Fenster geöffnet.
das ganze soll auch noch dynamisch funktionieren, da immer wieder neue dateien in dem ordner landen.
Das ist nicht so einfach. Mit Javascript allein geht das jedenfalls nicht. Man kann damit z.B. keine Verzeichnisse lesen oder Dateien bearbeiten.
Dafür brauchst Du eine Sprache wie Perl oder PHP, die i.d.R. auf einem Webserver läuft. Ein Webserver läßt sich auch relativ einfach und schnell auf dem eigenen PC lokal installieren (siehe z.B. http://www.apachefriends.org).