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Hiho,
wo ist das Problem? Da PHP auf dem Server (also noch bevor der Browser irgendwas von deinem JS weiss) abläuft kannst du damit auch ohne Probleme JavaScript Code generieren. Ganz genau so wie du auch HTML Code generierst. Sprich mit echo und co.
Bei sowas musst du immer in zwei Stufen denken. Erst macht PHP seine Arbeit und baut dir die Datei (und ob da jetzt HTML, JS, Flash, zip-Dateien oder der HL2 Source Code entstehen ist PHP herzlich egal) und dann wird die Datei vom Browser als ein Stück (also ohne jegliche dynamischen Elemente) empfangen (dem es übrigens nicht egal sein dürfte wenn du ihm den HL2 SourceCode generierst *gg*). Und erst dann fängt der Browser mit seiner Arbeit an und arbeitet z.b. das JavaScript ab. Sprich alles was da an Variablen von PHP rein soll muss schon vorher auf dem Server reingeschrieben worden sein.
Marc