Hi xcell,
Das Popup-Menü ist ein neues Fenster.
Dann musst Du per Java Script auf das "Inhaltsfenster" zugreifen. Lies mal hier:
http://aktuell.de.selfhtml.org/tippstricks/javascript/fensterzugriff/
Da sind die verschiedenen Zugirffe erklärt.
Es hört sich allerdings so an, als verfolgtest Du eine nicht besonders gute Idee, da das "Navigationsfenster" durch das Hauptfenster stets verdeckt würde. Es empfiehlt sich, die Navigation auf die gleiche Seite zu machen. Darüber hinaus ist auf Java Script kein Verlass, da viele das aus gutem Grund abgeschaltet haben.
Viele Grüße
Mathias Bigge