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An JavaScript prinzipiell ist nichts auszusetzen. Nur kann man das genauso abschalten wie Cookies -> wenn Du eine Seite hast, die ohnehin nur mit JavaScript funktioniert, damit Du den Browser mit den Koordinaten-Daten befüttern kannst, kannst Du eigentlich auch Cookies "vorschreiben", weil die Seite ohnehin für Web-Paranoiker nicht mehr benutzbar ist :)
Aber um noch auf Deine Frage zu antworten:
Du könntest die Seiten mit den Datenbak-Daten (also deinen Koordinaten oder was immer) auch in ein FRAME oder IFRAME laden. Wenn Du die seite neulädst und Daten von der Datenbank bekommst, lädst du nur dieses (I)FRAME neu, nicht aber die umgebende seite bzw. das Frameset.
Hilft das weiter?