Weiß vielleicht jemand woran das liegen könnte?
Wenn das board z.B. einen extra ATA100 Controller für die Festplatten besitzt, kann es sein dass dieser immernoch _vor_ den normalen IDE Controllern und dem Rest Bootet.
Dafür gibt es oft nochmal eine eigene Einstellung, vielleicht suchst mal danach.
Ansonsten weiss ich spontan nix.