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Hi!
Vom PEAR-Framework gibt es einen Coding-Standart bzw. eine Empfehlung zur sauberen Strukturierung des Quelltextes: http://pear.php.net/manual/en/standards.php.
Das Ganze ist nicht verbindlich, denn jeder kann seinen Quelltext schließlich so gestalten wie er möchte. Allerding sollte man wirklich etwas Ordnung herrschen lassen und v.A. nicht mit Kommentaren sparen. Ich finde fast alle PEAR-Empfehlungen sinnvoll und sie ergeben einen gut lesbaren Quelltext.
Grüße, Lucien