Hallo Raik!
vielleicht zeigst du uns ja mal das php-script, das den checkboxcode generiert? wenn das gruppen sind, könntest du z.b. start- und endnummer jeder gruppe auch per "echo" an passender stelle im javascript-code ausgeben und es clientseitig dann weiterverarbeiten.
Im PHP-Code sind mehrere Schleifen, die unter anderem die zu steuernden Checkboxen enthalten:
while($row = mysql_fetch_object($mysql_result)) {
echo "<input type=checkbox name='".$row->id."check' value=1>";
$ids[] = $row->id;
}