Ok - ich tätowier mir selbst ein RTFM auf die Stirn...
Aus der Apache2-Docu, mod_log_config ( http://httpd.apache.org/docs-2.0/mod/mod_log_config.html ):
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Environment variables can be set on a per-request basis using the mod_setenvif and/or mod_rewrite modules. For example, if you want to record requests for all GIF images on your server in a separate logfile but not in your main log, you can use:
SetEnvIf Request_URI .gif$ gif-image
CustomLog gif-requests.log common env=gif-image
CustomLog nongif-requests.log common env=!gif-image
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Das sollte einfach zu modifizieren sein, um die Zugriffe auf meine Unterverzeichnisse in getrennte Logs fließen zu lassen.
Trotzdem Danke für Eure Hilfe - Ihr habt mir auf die Sprünge geholfen.