nicht angemeldet
Das hat mit dem Autoflush($|) nichts zu tun, sondern mit den Zeilenumbrüchen in deinem Script.
Da stimmt irgendwas mit der Kodierung nicht oder Du hast es irgendwann mal versehentlich binär hochgeladen oder Du generierst das Script und gibst zu viele \n oder \r (je nach System) an.
Allerdings würde ich Dir zur normalen Ausgabe von Dokumenten, nicht unbedingt empfehlen sie zu flushen. Arbeite lieber mit Templates oder wenigstens mit HERE Documents um die Perl/HTML/CSS/was-auch-immer Sachen in eine Ausgabe zu bringen.
Viele Grüße
Sandra