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Das sollte entweder im Startscript eingetragen werden
Was meinst du mit Startscript? PHP-Script?
Das ist das Shellscript, das den MySQL-Server startet.
Ich finde bei mir leider keine Datei mit diesem Namen (my.cnf). In welchem directory sollte die sein?
Linux: Eigentlich irgendwo unter /etc, /etc/mysql, o.ä.
Windows: unter {mysql_install_dir}\bin