Hallo,
Du kannst mit der PHP Funktion chdir() das Directory wechseln. Oder Du führst mit system(), backticks oder exec() Systembefehle aus. Du kannst es auch kombinieren:
chdir ('/srv/www/htdocs/meindir');
system ('chmod -R 755 *');
chidr ('/und/zurueck/woher/ich/kam');
Wenn der Safe Mode an ist geht beides nicht oder nur auf ein in der php.ini festgelegetes Dir beschränkt. Das kannst Du in der php.ini sehen.
Viele Grüße
Sasha