Zu meiner Verwunderung wurden alle Einträge gelöscht (also sowohl 'Original' als auch 'Klon'). Ich dachte, " WHERE ((id != '$row->id') " würde dafür sorgen, dass das 'Original' nicht auch mitgelöscht wird.
!= ist PHP:
http://dev.mysql.com/doc/mysql/de/Comparison_Operators.html
http://dev.mysql.com/doc/mysql/de/Logical_Operators.html