du öffnest eine _leere_ Datei zum Schreiben:
$handle = fopen ($datei, "w");
während sie offen ist, machst du dieses (kenne ich nicht):
$doc=domDocument::loadHTMLFile($datei);
$doc->saveHTMLFile($datei);
ich denke, du kannst keine Datei unter demselben Namen schreiben, unter dem du sie offen hälst.
Oder: PHP schliesst den $handle selbstständig (du machst es ja nicht) und überschreibt dabei die bereits gespeicherten Daten ...
LG Kalle