Hallo flashnfantasy,
ich habe den Effekt auch schon beobachtet. Ich fand das bei meiner Seite garnicht so schlecht. Denn während beim IE und bei MOZ & Co. der Browser für einige zehn Sekunden eingefroren war, zeigte der Opera zumindestens einige Aktionen. Langsamer war er dadurch (bei mir) nicht.
Aber zu deinem Problem fällt mir nur eine Idee ein: kopiere die Tabelle in den Arbeitsspeicher (cloneNode), führe die Änderungen an der Kopie durch und tausche dann die Tabelle am Stück aus (replaceChild).
Gruß, Jürgen