DBI connect('taxa_info:134....','ta..r',...) failed: Lost connection to MySQL server during query at ./test.pl line 14
Das heißt wohl, Du bekommst eine Verbindung, die aber direkt(?) wieder flöten geht.
Wieviele Daten schickst Du denn rüber bzw. mach erstmal ein sehr einfaches select.
Auf was steht denn Dein Timeout von MySQL?
Hast Du mal den Administrator bzw. Query Browser von MySQL ausprobiert und damit vom Client auf der DB rumgefummelt?
Funktioniert das?
Gruß
Reiner