Was hindert Dich daran in das einbindende HTML Dokument eine zweite JS Datei einzubinden?
Es ist ganz einfach eine Sache der Zusammengehörigkeit.
Nehmen wir mal an, ich habe 2 Bibliotheksdateien liba.js und libb.js. In meinem HTML-Dokument index.htm benutze ich eine Funktion aus liba.js, die ihrerseits aber eine funktion aus libb.js benutzt.
In meinen Augen ist es sinnvoll, libc.js in liba.js einzubinden, da index.htm nur mit einer der beiden direkt zu tun hat. Das macht die ganze Sache übersichtlicher.