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Mahlzeit.
Um deine bisherige Herangehensweise zu optimieren, hab ich auch keine großartig anderen Vorschläge als die bisher gemachten. Allerdings hab ich eine Frage:
Soll dieses Skript in größeren zeitlichen Abständen "zum Aufräumen" laufen oder wie hast du das geplant? Offenbar werden ja im laufenden Betrieb Dateinamen aus der DB gelöscht. Bietet es sich da nicht an, auch gleich die Datei(en) zu löschen, anstatt eine Woche später 120.000 Einträge durchzuackern?