Hi,
wenn du ein popup aufmachst, bekommst du ja eine referenz auf das fenster geliefert. Diese Refeenzen koenntest du ja in einem array speichern.
zum thema referenz und open(): http://de.selfhtml.org/javascript/objekte/window.htm#open
den focus kannst du dann mit javascript focus() setzen:
<script type="text/Javascript" language="JavaScript">
<!--
document.getElementById("XXXXX").focus();
//-->
</script>
so, die Antwort war zwar nicht sehr detailiert, sollte dich aber weiterbringen. ;-)