Hallo Gonza,
du könntest noch die Ausführung des Scripts nach den onload um eine angemessene Zeit verzögern, damit der Browser fertig rendern kann. Du könntest auch die Hauptschleife des rechenintensiven Scriptes durch ein setTimeout-Konstrukt realisieren es so nach jeder "Runde" eine kleine Pause einlegen lassen, um dem Browser Zeit für Scrollen, etc. zu geben. Ich habe das aber nie selbst getestet.
Gruß, Jürgen