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Moin FPDF ist wirklich ein schickes tool, aber aus meiner erfahrung heraus kann ich sagen das man da ehlendig viel probleme bekommen kann (rein technische mein ich).
eine andere lösung deines problems findes du wenn du dir die header() funktion in php ansiehst
http://www.phpcenter.de/header
(sieh mal auf der seite nach ganz unten)