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Hallo,
Welche Saxon-Version welches Serversytem (hast du noch nicht beantwortet).
Saxon 8.x kannst du eigentlich so aufrufen (unter windows):
java -jar saxon8.jar -a LW:\Pfad\zu\datei.xml >LW:\Pfad\zu\datei.html
saxon8.jar kannst du auch in die CLASSPATH-Umgebungsvariable des Betriebsystems speichern, dann sollte es der Aufruf von überall her funktionieren, so auch aus dem/im Verzeichnis wo die XML/XSL Dateien liegen.
Grüße
Thomas