Hallo Sascha,
Selbst wenn der Hintergrund dann transparent ist nimmt er ja trotzdem Platz weg? Hm...ich probiere es einfach mal aus.
Nein, nicht wenn du deine transparente (wmode=transparent) Flashnavigation positionierst und ihr einen entsprechend hohen Z-Index verpasst. Allerdings musst du dir dessen bewusst sein, dass die Inhalte (auch Links) die sich unter diesem transparenten Flashlayer befinden, dann nicht mehr ohne weiteres zugänglich sind.
Mach dein Dropdownmenü also lieber mit CSS/DHTML!
Gruß Gernot