Kommt drauf an.
Wenn Dein IE im Quirksmodus läuft (das ist der Fall wenn Du laut Doctype transitonal HTML verwendest) berechnet er das "Boxmodell" anders.
Richtig ist breite/Höhe + margin + padding.
Befindet sich der IE im Quirksmodus macht er dies falsch und addiert margin und padding nicht zur gesamt Breite/Höhe dazu.
Lösung: HTML 4.01 strict oder XHTML strict verwenden und im Doctpye entsprechend angeben (hier darauf achten dass die Doctype angabe in der allerersten Zeile des HTML-Dokuments steht, sonst ignoriert der IE die Doctypeangabe)