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Also ich würde sagen, dass das schlicht und einfach daran liegt, dass in der Eingabe ZWEI der beiden Zeichen vorkommen.
Probiere mal:
$eingabe = "\n";
$eingabe =~ s/[\r\n]/./g;
print $eingabe;
und du wirst sehen, dass da nur ein . erscheint. Bedenke, dass es vom Betriebssystem abhängt, ob ein Zeilenumbruch mit \r\n oder nur mit \n
endet.