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Über CGI kann ich Dir nicht all zu viel nützliches sagen, zu C++ schon.
C++ wird nicht interpretiert, sondern ein zum betreffenden Server-Betriebssystem passender Compiler erzeugt aus dem Quelltext ein auf dem Server lauffähiges Programm. Du legst nicht den Quelltext Deines C++ - Programmes auf dem Server ab, sondern die ausführbare Datei, die der Compiler erzeugt hat.
Aus Deiner Frage entnehme ich allerdings, daß Du kein C++ - Experte bist.
Ich würde Dir daher eine andere Vorgehensweise empfehlen:
Schreibe erst mal Deine Anwendung in einer der klassischen interpretierten Sprachen - z.B. Pearl - für CGI-Skripte. Wenn sich dann herausstellt, daß das Programm zu langsam ist, stelle fest, welche Teile zu langsam sind und überlege, wie Du sie optimieren kannst.
Est wenn das nicht mehr weiterhilft, versuche die betreffenden Funktionen als externe Maschinencode-Module zu implementieren und an Dein Sktipt anzubinden.
Zum Schluß noch eine kleine Warnung: C++ bietet sehr viele Möglichkeiten und damit auch sehr viele Möglichkeiten, Fehler zu machen. Wenn Du noch keine Erfahrung damit hast, kannst Du Dich böse verrennen.