Hi,
Google z.B. meint dazu, dass man in der "robots.txt" den Crawler auch sagen kann welche domain er indizieren soll und welche nicht.
Natürlich könntest Du für eine Domain sämtliche Seiten verbieten, aber besser wäre es, Dich für eine Hauptdomain zu entscheiden und Zugriffe auf die andere Domain auf diese umzuleiten.
freundliche Grüße
Ingo