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Hallo,
in $_FILES finden sich (hoffentlich) nur die mittels Formular hochgeladen Files. Diese sind quasi-temporär. Beim Ende des Scriptes werden sie vom PHP-Runtime automatisch wieder gelöscht.
Solange das Script läuft, dem der Upload zugeordnet wurde, kannst Du mit der Datei arbeiten.
Wenn ein Script selber "temporärdateien" anlegen muss, kannst Du das mit http://de2.php.net/manual/de/function.tmpfile.php machen.
LG
Chris