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Hallo Christoph,
in Unwissenheit einer besseren Lösung habe ich folgenden Vorschlag. Rechne doch nach dem Einlesen die IDs um. Das kannst du mit mit einem generischen SQL Query bewerkstelligen etwa dieser Art:
UPDATE table SET id = MAX(id) - id + 1;
ich denke du verstehst die Kernessenz. Es kann allerdings sein, dass du erst den AUTO_INCREMENT entfernen und dann wieder einfügen musst. Und es ist auch denkbar, dass MAX(id) sich während der Ausführung dieses Queries ändert und damit alles verhunzt. Diese dinge verbleiben für dich zum ausprobieren, aber wenn du damit durch bist hast du eine Lösung, die du immer wieder verwenden kannst.
Gruß,
Cruz