Hallo,
vielleicht hilft es Dir ja, das Problem einzugrenzen. Da es bei mir mit meinem Editor und Browser beim Abspeichern keine unerwünschten Whitespaces gibt, teste doch erstmal das, bzw. umgekehrt, lade mit deinem Verfahren eine selbst erstellte Textdatei (ohne das Javascript) in Deine Seite rein und schau, obs den selben Fehler gibt. Damit lässt sich vielleicht sagen, obs beim Abspeichern oder am wieder reinschreiben liegt.
Bis später,
Frankx