Hallo Thomas,
sehr dünne Information. Welche DB? Duplicate was? Eine unique ID, die du zweimal zu verwenden versuchst? (Warum benutzt du nich Datenbank eigene Methoden, um deine "logische Sperre" zu realisieren?)
Welches Programm genau schreibt denn die unerwünschten Logeinträge? Da es im error_log von Apache landet würde ich an erster Stelle dein eigenes Perl Skript vermuten, dass eine Fehlermeldung von der Datenbank an den error_log weiter gibt. Ein Codeschnipsel wäre vielleicht hilfreich.
Gruß,
Cruz