seek-Aufruf wird ignoriert

[Struppi]

das Teil soll aus einem Quelltext Variablen und die dazugehörigen Werte rausschreiben

#!/usr/bin/perl

Ich würde dir dringend zu use strict und -w (Warnungen) raten. Es gibt viele Fehler, die du so nie finden wirst.
Gerade wenn du dabei bist etwas zu entwickeln sind die Warnungen und Fehlermeldungen von Perl extrem hilfreich.

open(INPUT, $file);  #Einlesen der Quelldatei (Quelltext)

Besser:
open(INPUT, $file) or die "Kann $file nicht öffnen: $!";

$length=@List;   # weil ich nicht genau weiß, wieviele Dateien
                     dieses Typs ich einlesen will, stell ich so
                     fest, ob die Datei leer ist. Wenn ja, hör ich
                     auf mit dem Programm (sind aufsteigend
                     nummeriert)

Um festzustellen ob eine Datei leer ist kannst du z.b. -s benutzen

# und jetzt kommt das berühmte seek...
open(OUTPUT, $output);

Hier öffnest du die Datei zum lesen und dann ...

seek (OUTPUT, $c, 0);
print OUTPUT @write;

... willst du sie beschreiben.
Hättest du die Warnungen angeschaltet, hättest du folgenden Output bekommen:
Filehandle main::OUTPUT opened only for input at test.pl line X.

Eine Datei lesen und beschreiben geht mit "+<" oder '+>>', aber vorsicht lesen und schreiben von Dateien ist voller Fallstricke.

Struppi.