hallo Patrick,
Das hängt davon ab, was du unter "Auslagern" verstehst. Prinzipiell ist es möglich, ja.
Die Conditional Comments müssen aber in der HTML-Datei bleiben, die kann der OP nicht in der CSS-File notieren.
Deshalb habe ich nach der Art der "Auslagerung" gefragt. "conditional comments" müssen im HTML-Dokument stehen, das der Browser erhält, insofern hast du recht. Aber wie das auf dem Server zusammengesetzt wird, ist wurscht. Wenn du beispielsweise eine Navigation mit PHP zusammenbaust oder ein Templatesystem (Smarty) benutzt, kann der "comment" sonstwo untergebracht werden.
Grüße aus Berlin
Christoph S.