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Hallo Christoph!
Weil es sich nicht um "Autostart"-Einträge handelt, sondern um Dienste. Unter HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services wirst du fündig, es geht aber auch einfacher über die Diensteverwaltung.
Danke für den Tipp. Hab den Autostart von für Apache2 und MySQL mittlerweile erfolgreich ausgeschaltet und ich werde das auch mal auf andere Dienst untersuchen, die ich nicht benötige.