echo $begrüßung;
document.getElementById("IDbeideretwasgeändertwerdesoll").href = Linkarray[3];
Das geht mit PHP aber nicht.
Doch, das geht schon. Nur solltest du bedenken, dass in Javascript oftmals ein Element etwas Sichtbares darstellt, das sich sofort verändert, wenn man seine Eigenschaften ändert.
PHP erzeugt zunächst nur Unsichtbares. Es wäre aber kein Problem, die darzustellende Seite mit Objekten aufzubauen, deren Eigenschaften wie gewünscht einzustellen, und dann aus diesen Objekten den HTML-Quelltext zu generieren. Diese Vorgehensweise ist zwar für "Wald- und Wiesen-Scripte" überdimensioniert, doch bei komplexen Anwendungen kann man davon Vorteile haben.
echo "$verabschiedung $name";