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Wie könnte der Query aussehen den ich modellieren muss um folgende Verknüpfungen der DBs zu erreichen.
Nach Querlesen Deiner Frage verstehe ich folgendes: Du willst aufgrund von neuerfassten oder geänderten Daten aus Tabelle B Tabelle A aktualisieren und die Änderungen in Tabelle C notieren.
Das ist OK, geht ein wenig in Richtung Daten-Historisierung. Zur "Query", ganz vermutlich benötigst Du ein Rudel von Abfragen und temporäre Datenhaltung, mir ist nicht ganz klar ob mySQL das in der bei Dir im Einsatz befindlichen Version zu leisten vermag.
Aber, no prob, Du hast ja sowas wie PHP zur Verfügung und kannst bspw:
1.) die neu hereingekommenen (bzw. geänderten) Datensätze identifizieren und "in PHP" ablegen (als array bspw.)
2.) auf Grund bestimmter Regeln Tabelle A updaten
3.) diese Datenaktualisierungen in Tabelle C notieren
Welches Vorgehen hast Du bisher ins Auge gefasst bzw. umgesetzt?