Hallo,
while (entry=readdir(myDir)) {
//Programmcode
//...
Es wäre durchaus interessant, was hier genau passiert. Denn ich vermute, dass Du myDir1 hier nicht wieder zruücksetzt bzw. neu öffnest, bzw. vielleicht auch nach der zweiten while()-Schleife nicht wieder ordnungsgemäß schliesst.
while (entry1=readdir(myDir1)) {
Grüße
Klaus