Alias funktioniert grundsätzlich auch für Unterverzeichnissen. Wenn es bei Dir für Unterverzeichnisse nicht funktioniert, liegt's an etwas anderem, aber nicht an Alias. Dazu solltest Du mit ein paar Details mehr aus Deiner Konfiguration rausrücken.
Alias für Unterverzeichnisse wär ok für mich.
Es ist ein Debian 3 Linux vServer mit Plesk 8 und mehreren vhosts in Apache 2 wobei ich den Alias im vhost angelegt habe.
An was kann es denn liegen bzw. welche Infos braucht ihr?