Ich glaube CSS ist die richtige Lösung für dein Problem!
Mit dem DIV-Tag kann man die Positionen der einzelnen Elemente beliebig verändern. Ich habe deinen Code mal ein bisschen DIVISIERT :-)
Guck doch mal unter Positionierung nach:
http://de.selfhtml.org/css/eigenschaften/positionierung.htm
<title>Blbabla</title>
<!--Hier stehen die Meta-Daten-->
</head>
<body>
<table class="mainbodywidth">
<!---------------------- Kopfzeile ---------------------->
<tr>
<td>
<!--INC:"kopfzeile.inc","9.4.2007 14:06:56"-->
<div style="position:absolute; top:0px; z-index:3;">Eingangsbild</div>
<!--/INC:"kopfzeile.inc"-->
</td>
</tr>
<!---------------------- Navigation ---------------------->
<tr>
<td>
<!--INC:"navigation.inc","12.4.2007 20:45:12"-->
<div style="position:absolute; top:20px; z-index:3;">Navizeile</div>
<!--/INC:"navigation.inc"-->
</td>
</tr>
<!---------------------- Textfeld ---------------------->
<tr>
<!-- <td>
<div style="position:absolute; top:20px; z-index:3;" align="center"><img src="../grafiken/warnkegel.jpg" width="70" height="120" border="0" alt=""></div>
</td>-->
<div style="position:static; top:0px; z-index:1;" align="center">
<iframe src="txt_start.html" frameborder="0" height="400" width="760"></iframe>
</td>
</tr></div>
<!---------------------- Fusszeile ---------------------->
<tr>
<td class="main_tblfeet">
<!--INC:"fusszeile.inc","9.4.2007 13:28:50"-->
<div style="position:absolute; top:430px; z-index:3;">Fusszeile</div>
<!--/INC:"fusszeile.inc"-->
</td>
</tr>
</table>
</div>
</body>
</html>